개인사업자 폐업 후 종합소득세·부가세 신고 가이드: 확정 금액과 변동 가능성 정리

폐업 신고는 ‘끝’이 아닌 ‘세무의 시작’입니다

사업을 정리하기로 결정하고 폐업 신고를 마치면 모든 것이 끝난 것 같지만, 세금 문제는 이제부터 시작입니다. 특히 작년 4월에 개업하여 올해 1월에 폐업하신다면, 두 개 연도(2025년, 2026년)에 걸친 세무 처리가 필요하기 때문에 더욱 주의가 필요합니다.

많은 사장님이 “폐업했으니 매출이 없는데 세액이 확정된 것 아닌가요?”라고 물으시지만, 세금은 ‘매출’뿐만 아니라 ‘매입(비용)’과 ‘공제’ 항목에 따라 마지막까지 변동될 소지가 큽니다. 폐업 후 세금 신고의 메커니즘을 정확히 짚어드립니다.


목차

  1. 폐업 후 반드시 해야 할 2가지 세금 신고
  2. 세무사 의뢰 시 세액이 확정되는 과정과 변동 가능성
  3. 1월 폐업 시 주의해야 할 종합소득세 계산 포인트
  4. 폐업 시 놓치기 쉬운 절세 체크리스트

1. 폐업 후 반드시 해야 할 2가지 세금 신고

폐업 신고서만 제출한다고 해서 세금이 자동으로 계산되지 않습니다. 다음 두 가지 신고를 기한 내에 마쳐야 합니다.

① 폐업 부가가치세 확정 신고

  • 기한: 폐업일이 속하는 달의 다음 달 25일까지 (예: 1월 15일 폐업 시 2월 25일까지 신고)
  • 내용: 폐업 직전까지의 매출과 매입을 신고합니다. 이때 ‘폐업 시 잔존재화’라고 하여 남은 재고나 자산에 대해서도 부가세가 발생할 수 있으니 주의해야 합니다.

② 종합소득세 신고

  • 기한: 폐업 여부와 상관없이 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지
  • 대상: 작년 4월~12월분 소득(2026년 5월 신고) 및 올해 1월분 소득(2027년 5월 신고)

2. 세무사 의뢰 시 금액이 확정될까? 변동될까?

세무사에게 의뢰하면 현재까지 수집된 자료를 바탕으로 ‘예상 세액’을 산출해 줍니다. 하지만 이 금액이 무조건 확정 금액은 아닙니다.

금액이 바뀔 수 있는 이유

  • 누락된 자료: 뒤늦게 발견된 종이 세금계산서, 신용카드 이용 내역 누락 등이 반영되면 세액이 달라집니다.
  • 가산세 발생: 신고 기한을 넘기거나 매출을 과소 신고했던 이력이 사후 검증에서 발견되면 추징될 수 있습니다.
  • 공제 항목 확정: 5월 종합소득세 신고 시 적용되는 ‘인적공제’, ‘소득공제’ 항목이 최종 확정되어야 정확한 세액이 나옵니다.

일반적으로 세무사가 산출한 금액은 “제공된 자료가 정확하다는 전제하에” 확정 금액에 가깝지만, 국가(국세청)에서 최종 확정하기 전까지는 행정적 변동 가능성이 늘 존재합니다.


3. 1월 폐업 시 소득세 계산 포인트

질문자님은 작년(2025년) 4월~12월분 소득과 올해(2026년) 1월분 소득을 각각 다른 시기에 신고해야 합니다.

  • 2026년 5월 신고: 작년 4월부터 12월까지 발생한 순이익에 대해 신고합니다. 사업 기간이 1년 미만이더라도 해당 기간의 소득을 연간 소득으로 환산하지 않고 실제 발생한 소득에 대해서만 세율을 적용합니다.
  • 2027년 5월 신고: 올해 1월 딱 한 달간 발생한 소득에 대해 신고합니다. 만약 1월에 매출은 없고 비용(임대료 등)만 발생했다면 결손금 처리를 통해 세금을 환급받거나 다른 소득과 합산하여 절세할 수 있습니다.

4. 폐업 사장님을 위한 세무 체크리스트

폐업 후 세금 절약 체크리스트

  • [ ] 폐업 부가세 신고 기한 준수: 폐업일 다음 달 25일을 넘기지 않았는가?
  • [ ] 잔존재화 체크: 매입세액 공제를 받았던 비품이나 재고가 남아 있어 부가세가 추가로 나오지 않는가?
  • [ ] 기부금/보험료 증빙: 사업 소득 외에 공제받을 수 있는 영수증을 챙겼는가?
  • [ ] 노란우산공제: 가입되어 있다면 폐업 사유로 해지 시 퇴직금 개념으로 수령 가능한가?
  • [ ] 지급명세서 제출: 아르바이트나 직원을 썼다면 폐업일 다음 다음 달 말일까지 지급명세서를 제출했는가?

FAQ (자주 묻는 질문)

Q1. 세무사에게 맡기면 비용은 어느 정도 드나요? 일반적으로 폐업 신고 대행과 부가세 확정 신고를 묶어 ‘폐업 신고 수수료’를 받으며, 규모에 따라 10만~30만 원 내외인 경우가 많습니다. 5월 종합소득세 신고는 별도의 조정료가 발생할 수 있습니다.

Q2. 매출이 거의 없는데 꼭 신고해야 하나요? 네, 매출이 0원이라도 ‘무실적 신고’를 해야 합니다. 신고를 하지 않으면 국세청에서 임의로 세액을 결정(결정고지)하며, 이 경우 각종 공제 혜택을 받지 못해 오히려 세금 폭탄을 맞을 수 있습니다.

Q3. 세무사에 의뢰하면 국세청 조사를 피할 수 있나요? 세무사는 법 테두리 내에서 가장 유리한 신고를 도와주는 조력자입니다. 전문적인 검토를 거치면 단순 계산 착오로 인한 가산세나 세무조사 타겟이 될 확률을 현저히 낮출 수 있습니다.

Q4. 작년 소득세는 언제 내는 건가요? 2025년 4월~12월 사이의 소득은 2026년 5월에 신고하고 납부합니다. 폐업했다고 해서 지금 바로 내는 것이 아니니 자금을 미리 확보해 두시는 것이 좋습니다.

Q5. 폐업 후 취업을 하면 소득세는 어떻게 되나요? 5월 종합소득세 신고 시 ‘사업소득(폐업 전)’과 ‘근로소득(취업 후)’을 합산하여 신고해야 합니다. 이 경우 세무 대리인을 통해 합산 신고를 진행하는 것이 정확합니다.

Q6. 부가세 환급금이 있을 수도 있나요? 인테리어 비용이나 비품 구입비가 매출보다 많았다면 환급이 가능합니다. 다만 폐업 시에는 ‘재고 매입세액’ 등을 따져봐야 하므로 전문가의 계산이 필요합니다.


마무리 요약

폐업은 사업의 마무리가 아니라 세금 정산의 시작입니다. 특히 1월 폐업은 작년치와 올해치를 각각 관리해야 하므로 자료 정리가 핵심입니다.

오늘 할 일 3가지

  1. 자료 수집: 작년 4월부터 현재까지의 카드 이용 내역, 세금계산서, 임대차 계약서 한곳에 모으기
  2. 세무사 상담: 홈택스 자료를 세무사에게 공유하고 ‘폐업 부가세’와 ‘5월 종소세’ 예상치를 가늠해 보기
  3. 홈택스 확인: 폐업 신고가 정상적으로 접수되었는지 확인하고, ‘지급명세서’ 등 누락된 제출 서류가 없는지 체크하기

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